Penyakit bercak daun Alternaria dan embun bulu merupakan infeksi jamur yang paling sering menyerang kailan saat curah hujan tinggi. Gejala bercak Alternaria ditandai dengan lingkaran konsentris cokelat kehitaman pada daun tua, sedangkan embun bulu menunjukkan lapisan putih abu-abu di permukaan bawah daun. Pengaturan jarak tanam ideal 20 cm x 25 cm serta pemangkasan daun bagian bawah yang bersentuhan dengan tanah efektif mengurangi kelembapan mikro di sekitar tajuk tanaman.
Selain jamur, penyakit busuk hitam yang disebabkan oleh bakteri Xanthomonas campestris dan akar gada akibat Plasmodiophora brassicae menjadi ancaman serius pada lahan basah. Busuk hitam ditandai dengan daun menguning berbentuk huruf V di tepi daun yang kemudian menghitam pada tulang daun. Untuk akar gada, tanaman terlihat layu pada siang hari dan mengakar bengkak seperti gada; penanganan tanah berasam dapat dilakukan dengan pemberian kapur dolomit 1 hingga 2 ton per hektar untuk menaikkan pH tanah ke angka 6,0 sampai 6,5.
Tindakan pencegahan terpadu mencakup pembuatan bedengan setinggi 30 hingga 40 cm agar air tidak menggenang di sekitar perakaran kailan. Pengocoran agens hayati seperti Trichoderma harzianum atau Bacillus subtilis pada pangkal batang setiap 7 hingga 10 hari sekali dapat menekan perkembangan patogen tanah. Jika infeksi meluas melebihi 15 persen populasi, aplikasi pestisida hayati atau bahan kimia terdaftar dapat dilakukan dengan berkonsultasi kepada penyuluh pertanian lapangan setempat.