Embun tepung disebabkan oleh jamur Erysiphe cichoracearum. Gejalanya berupa bercak putih tepung pada permukaan daun, terutama di sisi atas. Daun yang terserang parah akan menguning, kering, dan gugur, sehingga mengganggu fotosintesis. Penyakit ini menyebar cepat pada cuaca lembab dan suhu 20-27°C. Untuk mengendalikannya, tanam dengan jarak 60-80 cm antar tanaman agar sirkulasi udara baik, hindari penyiraman dari atas, dan aplikasikan fungisida berbahan aktif sulfur atau kalium bikarbonat sesuai label jika serangan berat.
Busuk buah disebabkan oleh jamur Choanephora cucurbitarum atau Phytophthora capsici. Gejala awal berupa bercak basah pada buah yang cepat meluas, ditutupi miselium putih atau abu-abu, dan buah menjadi lunak. Penyakit ini sering muncul saat buah menyentuh tanah lembab. Cegah dengan mulsa plastik atau jerami agar buah tidak kontak langsung dengan tanah, perbaiki drainase, dan jaga kebersihan lahan. Buah yang terinfeksi segera dibuang dan jangan dijadikan kompos.
Penyakit lain seperti layu bakteri (Erwinia tracheiphila) juga bisa menyerang, ditandai dengan layu mendadak pada satu atau beberapa daun, kemudian menyebar ke seluruh tanaman. Tidak ada pengobatan untuk layu bakteri; tanaman yang terinfeksi harus segera dicabut dan dimusnahkan. Pengendalian vektor kumbang mentimun (Acalymma vittatum) sangat penting. Tanam perangkap seperti jagung di sekitar lahan atau gunakan insektisida nabati seperti ekstrak daun nimba.