Ulat grayak menyerang daun dengan cara memakan jaringan daun hingga tinggal tulang daun. Ciri khasnya adalah daun berlubang tidak beraturan dan adanya kotoran ulat di sekitar tanaman. Serangan berat dapat menggunduli tanaman dalam 2-3 hari. Kutu daun biasanya ditemukan di pucuk atau permukaan bawah daun, mengisap cairan tanaman sehingga daun mengeriting, menguning, dan pertumbuhan terhambat. Kutu daun juga mengeluarkan embun madu yang memicu pertumbuhan jamur jelaga. Tungau merah menyerang daun bagian bawah, menyebabkan bercak kuning atau perak (stippling) dan jaring halus; serangan parah membuat daun kering dan rontok.
Pengendalian hama pegagan sebaiknya dimulai dengan cara preventif. Jaga kebersihan lahan dari gulma dan sisa tanaman yang menjadi inang hama. Lakukan rotasi tanaman dengan jenis sayuran lain (misal kangkung atau bayam) untuk memutus siklus hama. Gunakan mulsa plastik atau jerami untuk menekan gulma dan menjaga kelembaban tanah. Jika hama sudah muncul, semprot dengan pestisida nabati seperti ekstrak daun nimba (1 kg daun direbus dalam 10 liter air, dinginkan, saring, semprotkan seminggu sekali) atau larutan bawang putih (5 siung dihaluskan, rendam 1 liter air semalam, saring, tambah 9 liter air). Untuk ulat grayak, bisa juga disemprot dengan Bacillus thuringiensis (Bti) yang dijual di toko pertanian; ikuti petunjuk label.
Jika serangan sudah parah dan cara alami tidak mempan, konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat atau BPP untuk mendapatkan rekomendasi pestisida kimia yang tepat. Selalu baca label dan gunakan sesuai dosis yang dianjurkan. Hindari penyemprotan saat tanaman berbunga untuk melindungi serangga penyerbuk. Panen pegagan dapat dilakukan dengan memotong daun atau mencabut seluruh tanaman setelah umur 60-70 hari. Dengan perawatan yang baik, pegagan bisa dipanen beberapa kali dalam setahun.