Penyakit pertama adalah busuk akar (Pythium/Rhizoctonia). Ciri: tanaman layu mendadak meski tanah lembap, akar berwarna coklat kehitaman dan berlendir. Ini sering terjadi jika media tanam terlalu basah atau drainase buruk. Kedua, bercak daun (Cercospora/Alternaria). Ciri: bercak bulat coklat dengan tepi kuning pada daun, menyebar dari daun bawah ke atas. Biasanya muncul saat kelembapan tinggi (>90%) dan sirkulasi udara jelek.
Penyakit ketiga adalah embun tepung (Oidium). Ciri: tepung putih seperti bedak pada permukaan daun, daun menggulung dan mengering. Serangan sering pada musim kemarau dengan kelembapan malam tinggi. Keempat, layu bakteri (Ralstonia). Ciri: layu permanen meski tanah lembap, potong batang keluar lendir bakteri. Kelima, virus mosaik (berbagai virus). Ciri: daun belang hijau kekuningan, keriting, tanaman kerdil. Ditularkan oleh kutu daun (aphids).
Pengobatan utama adalah pengelolaan budidaya. Untuk busuk akar: kurangi penyiraman, pastikan drainase baik, dan aplikasi Trichoderma sp. ke tanah. Bercak daun: pangkas daun sakit, perbaiki sirkulasi udara, semprot ekstrak bawang putih (1 siung halus + 1 liter air, diamkan 12 jam) setiap 5-7 hari. Embun tepung: semprot larutan baking soda (1 sdt per liter air) atau susu skim (1:9 air) setiap 3-4 hari. Layu bakteri: cabut tanaman sakit, jangan tanam oregano di lahan yang sama selama 2 musim. Virus: kendalikan kutu daun dengan semprotan air sabun (1 sdm sabun cair per liter air) atau tanaman refugia seperti bunga matahari.