Panen pertama dapat dilakukan saat tanaman berumur 60-75 hari setelah tanam (bibit stek) atau saat tinggi tanaman mencapai 15-20 cm. Ciri utama oregano siap panen adalah daun bagian bawah mulai menguning dan muncul calon bunga (biasanya saat tanaman berumur 3-4 bulan). Panen dilakukan dengan memotong batang sekitar 5-10 cm di atas permukaan tanah, menyisakan 2-3 ruas batang bawah agar tanaman bisa bertunas kembali. Frekuensi panen selanjutnya setiap 6-8 minggu sekali tergantung kesuburan tanah dan perawatan.
Cara panen yang benar: gunakan gunting atau pisau tajam yang steril. Potong batang pada pagi hari (06.00-09.00) saat kadar air daun masih tinggi. Hindari memotong saat hujan atau daun basah karena dapat memicu jamur. Setelah dipotong, segera kumpulkan dalam keranjang bersih dan hindari penumpukan terlalu tebal agar daun tidak layu. Untuk hasil terbaik, jangan menunggu hingga tanaman berbunga penuh, karena rasa dan aroma oregano akan menurun setelah berbunga.
Pasca panen, oregano dapat dikeringkan dengan cara diangin-anginkan di tempat teduh dan kering selama 5-7 hari atau menggunakan oven suhu rendah (40°C) selama 2-3 jam. Daun kering disimpan dalam wadah kedap udara di tempat gelap. Jika ingin segar, oregano bisa langsung digunakan atau disimpan dalam kulkas (dibungkus tisu lembab) hingga 1 minggu. Untuk mempertahankan produktivitas tanaman, lakukan pemupukan susulan dengan pupuk kandang (1-2 kg/m2) setiap 2 bulan setelah panen.