Panen dilakukan saat tanaman berumur 12-18 bulan. Ciri-ciri siap panen: daun bagian bawah mulai menguning dan rumpun tampak padat. Gunakan cangkul atau garpu untuk menggali akar secara hati-hati agar tidak putus. Gali sedalam 30-50 cm di sekitar rumpun, lalu angkat seluruh akar beserta tanahnya.
Setelah diangkat, bersihkan akar dari tanah dengan cara dicuci atau dikibaskan. Potong bagian daun dan batang setinggi 5-10 cm dari pangkal akar. Akar kemudian dijemur di bawah sinar matahari selama 3-5 hari hingga kadar air sekitar 10-12%. Pengeringan yang baik menghasilkan akar berwarna cokelat kehitaman dan beraroma khas.
Hasil panen akar wangi segar rata-rata 5-10 ton per hektar per tahun (tergantung varietas dan pemeliharaan). Akar kering siap disuling untuk diambil minyaknya. Simpan akar kering di tempat kering dan sejuk dalam karung goni agar kualitas tetap terjaga hingga proses penyulingan.