Untuk tanaman belum menghasilkan (TBM, umur 0-3 tahun), fokus pada pertumbuhan batang dan akar. Berikan pupuk organik (pupuk kandang atau kompos) sebanyak 5-10 kg per pohon per tahun, dibagi 2 kali aplikasi (awal dan akhir musim hujan). Tambahkan pupuk NPK 15-15-15 sebanyak 100-200 gram per pohon per tahun, diaplikasikan dengan cara ditabur melingkar selebar tajuk, lalu ditutup tipis tanah. Hindari pemupukan saat musim kemarau panjang untuk mencegah stres.
Pada tanaman menghasilkan (TM, di atas 3 tahun), pemupukan bertujuan meningkatkan produksi getah. Berikan pupuk organik 10-20 kg per pohon per tahun. Untuk pupuk anorganik, gunakan NPK 12-12-17-2 (mengandung Mg) sebanyak 300-500 gram per pohon per tahun, dibagi 2-3 kali aplikasi. Pada musim hujan, tambahkan pupuk KCl 50-100 gram per pohon untuk meningkatkan kualitas getah. Jangan lupa melakukan pengapuran jika pH tanah di bawah 5,5 dengan dolomit 1-2 kg per pohon setiap 2 tahun.
Pemupukan harus diimbangi dengan pemeliharaan lain seperti penyiangan gulma dan pemangkasan cabang mati. Untuk kemenyan yang sudah berproduksi, pemupukan dilakukan setelah penyadapan getah (biasanya setiap 3-4 bulan). Gunakan pupuk slow release jika memungkinkan untuk mengurangi frekuensi aplikasi. Selalu konsultasikan dosis pupuk dengan penyuluh pertanian setempat karena kebutuhan hara tergantung pada umur pohon, kesuburan tanah, dan target produksi.