Busuk pangkal batang disebabkan oleh jamur Phytophthora capsici. Ciri khasnya: pangkal batang berwarna coklat kehitaman, mengeluarkan cairan, dan daun menguning layu. Tanaman mudah roboh. Solusinya: perbaiki drainase, hindari genangan, dan potong bagian yang terinfeksi. Untuk pencegahan, gunakan mulsa jerami dan beri jarak tanam 2x2 meter.
Layu bakteri (Ralstonia solanacearum) menyerang pembuluh batang. Gejala: daun layu mendadak meski tanah lembap, potongan batang mengeluarkan lendir putih. Tidak ada obat kimia yang efektif. Solusinya: cabut tanaman sakit dan bakar, beri kapur dolomit (2 ton/ha) untuk menaikkan pH tanah, dan rotasi tanaman dengan kacang-kacangan selama 2 musim.
Bercak daun (Cercospora piperis) muncul sebagai bercak coklat dengan tepi kuning pada daun, lalu mengering. Ini mengurangi fotosintesis. Solusinya: semprot fungisida berbahan aktif tembaga (sesuai label) setiap 7-10 hari saat musim hujan. Sanitasi lahan dengan membuang daun sakit juga penting. Pilih varietas tahan seperti ‘Kemukus Lokal Aceh’.