Penggerek buah menyerang buah kemukus dengan cara membuat lubang masuk dan memakan biji di dalamnya. Gejalanya adalah buah berlubang kecil, berubah warna menjadi coklat kehitaman, dan rontok sebelum matang. Kutu putih menyerang daun, batang, dan buah dengan mengisap cairan sel, menyebabkan daun menguning, layu, dan buah mengeriput. Kutu putih juga mengeluarkan embun madu yang memicu pertumbuhan jamur jelaga.
Pengendalian hama kemukus dilakukan secara terpadu. Untuk penggerek buah, lakukan pemangkasan bagian tanaman yang terserang dan kumpulkan buah yang rontok untuk dimusnahkan. Pasang perangkap feromon (1 per hektar) untuk memantau populasi. Untuk kutu putih, semprot dengan air sabun (2 sendok sabun cuci piring per liter air) setiap 3 hari selama 2 minggu. Biarkan musuh alami seperti kumbang Coccinellidae dan parasitoid Anagyrus sp. berkembang.
Pencegahan adalah kunci. Lakukan sanitasi kebun dengan membersihkan gulma dan sisa tanaman. Tanam varietas tahan seperti kemukus lokal Aceh. Gunakan mulsa plastik hitam untuk menghambat pergerakan kutu putih. Jika serangan sudah parah, segera konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat untuk rekomendasi pestisida yang tepat.