Pemupukan dasar dilakukan saat tanam dengan memberikan pupuk organik (pupuk kandang atau kompos) sebanyak 2-3 ton per hektar dicampur merata dengan tanah pada lubang tanam. Pupuk anorganik diberikan setelah tanaman berumur 1-2 minggu dengan dosis sepertiga dari dosis tahunan. Pemupukan susulan pertama dilakukan saat tanaman berumur 3-4 bulan (fase vegetatif aktif) dengan dosis sepertiga lagi. Pemupukan susulan kedua diberikan saat tanaman mulai berbunga (umur 6-8 bulan) dengan dosis sepertiga sisanya, terutama untuk mendukung pembentukan buah.
Pada tanaman jarak pagar yang sudah menghasilkan (umur >1 tahun), pemupukan dilakukan setiap 3-4 bulan sekali dengan dosis total 200-300 kg Urea, 150-200 kg SP-36, dan 150-200 kg KCl per hektar per tahun. Aplikasi pupuk sebaiknya dilakukan saat musim hujan agar pupuk cepat larut dan terserap. Untuk lahan dengan pH rendah (<5,5), perlu ditambahkan dolomit 1-2 ton per hektar setahun sekali untuk menaikkan pH dan menyediakan kalsium serta magnesium. Pemupukan melalui daun (pupuk daun) dapat diberikan saat tanaman mengalami stres atau kekurangan unsur mikro, dengan konsentrasi rendah sesuai petunjuk kemasan.
Pemupukan berimbang sangat penting untuk menghindari kekurangan atau kelebihan hara. Gejala kekurangan nitrogen ditandai daun menguning, pertumbuhan terhambat; kekurangan fosfor daun tua keunguan; kekurangan kalium tepi daun mengering. Jika ditemukan gejala tersebut, segera lakukan pemupukan spesifik sesuai kebutuhan. Selain itu, lakukan analisis tanah setiap 1-2 tahun sekali untuk menyesuaikan dosis pupuk. Jangan lupa untuk selalu membaca label pada kemasan pupuk dan konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat atau BPP terdekat untuk rekomendasi yang lebih tepat sesuai kondisi lahan Anda.