Panen dilakukan dengan memetik buah secara manual menggunakan tangan atau galah. Untuk lahan luas, petani bisa menggunakan sabit bergagang panjang. Buah yang dipetik sebaiknya langsung dikumpulkan dalam karung jaring agar sirkulasi udara baik. Hindari menumpuk buah basah karena bisa memicu pembusukan. Produktivitas rata-rata 2–5 ton biji kering per hektar per tahun pada tanaman dewasa (umur 3–5 tahun). Panen dapat dilakukan setiap 2–3 minggu sekali selama musim buah.
Setelah dipanen, buah dijemur di bawah sinar matahari langsung selama 3–5 hari hingga kadar air biji turun menjadi 8–10%. Biji yang sudah kering ditandai dengan suara gemerisik saat diguncang. Selanjutnya, biji dipisahkan dari kulit buah dengan cara digeblok atau menggunakan mesin pemecah kulit. Biji kering siap disimpan dalam wadah kedap udara di tempat sejuk (suhu 15–20°C) atau langsung diolah menjadi minyak. Biji yang baik memiliki daya kecambah minimal 80%.
Waktu panen yang tepat sangat penting untuk rendemen minyak. Buah yang terlalu matang (sudah hitam dan jatuh) menghasilkan minyak dengan kadar asam lemak bebas tinggi, sehingga kualitasnya rendah. Sebaliknya, buah yang masih hijau menghasilkan biji kecil dan rendemen minyak rendah. Oleh karena itu, petani harus rutin memeriksa kebun setiap minggu saat musim panen. Gunakan alat panen yang bersih dan simpan hasil panen di tempat kering untuk mencegah aflatoksin.