Penyakit bercak daun (Cercospora, Alternaria) muncul sebagai bercak kecil cokelat kehitaman dengan tepi kuning, menyebar dari daun tua ke muda. Pada serangan berat, daun menguning dan gugur. Busuk batang (Sclerotium, Rhizoctonia) ditandai batang lembek berair di pangkal, berwarna cokelat tua, dan sering disertai miselium putih. Layu fusarium menyebabkan daun layu mendadak tanpa menguning, serta jika batang dibelah tampak warna cokelat pada pembuluh.
Pengendalian utama adalah sanitasi dan pengaturan drainase. Jangan menanam rosella di lahan bekas tanaman terinfeksi tanpa rotasi minimal 2 musim. Saat gejala awal, segera buang bagian tanaman sakit dan semprot fungisida berbahan aktif tembaga atau mankozeb sesuai label. Untuk busuk batang, perbaiki drainase dan hindari genangan. Layu fusarium sulit diobati; cabut dan bakar tanaman terserang, lalu beri kapur dolomit pada lubang tanam.
Pencegahan lebih efektif dengan menggunakan benih bersertifikat, jarak tanam tidak rapat (minimal 50x75 cm), dan pemupukan berimbang. Pemangkasan cabang bawah meningkatkan sirkulasi udara. Pada musim hujan, kurangi frekuensi penyiraman dan lakukan penyemprotan fungisida preventif setiap 2 minggu. Jika serangan meluas, konsultasikan dengan BPP setempat untuk rekomendasi fungisida spesifik sesuai hasil uji laboratorium.