Pemupukan dasar dilakukan saat pengolahan tanah sekitar 2 minggu sebelum bibit garut ditanam di lahan. Tebarkan pupuk organik seperti pupuk kandang matang atau kompos sebanyak 10 hingga 15 ton per hektar, atau sekitar 1 sampai 2 kilogram per lubang tanam. Langkah ini bertujuan untuk memperbaiki struktur fisik tanah agar menjadi gembur, sehingga perakaran dan umbi garut dapat berkembang tanpa hambatan.
Pemupukan susulan pertama diberikan pada umur 30 hingga 45 hari setelah tanam saat tanaman mulai membentuk anakan dan daun baru. Pada fase vegetatif ini, tanaman garut membutuhkan asupan nitrogen dan fosfor yang cukup untuk memperkuat batang serta memperluas area perakaran. Berikan pupuk melingkar di sekeliling tajuk tanaman dengan jarak sekitar 10 hingga 15 sentimeter dari pangkal batang.
Pemupukan susulan kedua dilakukan pada umur 90 hingga 120 hari setelah tanam, bersamaan dengan fase inisiasi dan pembesaran umbi. Pada periode penting ini, porsi kalium harus ditingkatkan untuk mendorong akumulasi pati ke dalam umbi garut. Lakukan pembumbunan tanah setelah pemupukan susulan kedua ini agar pupuk tidak terbuang dan umbi terhindar dari paparan sinar matahari langsung.