Hama utama yang paling sering merusak tajuk garut adalah ulat penggulung daun dan ulat grayak. Serangan ulat ini ditandai dengan daun berlubang atau tergulung rapi menggunakan benang sutra halus, yang dapat mengurangi kapasitas fotosintesis tanaman hingga 40 persen jika tidak ditangani melalui pemeriksaan rutin 2 kali seminggu.
Selain hama bagian atas, bagian bawah tanah tanaman garut sering diserang oleh uret atau larva kumbang tanah, terutama pada lahan bekas rumput liar pada awal musim hujan. Larva ini menggerogoti rimpang muda yang baru terbentuk pada umur 3 sampai 5 bulan, sehingga menyebabkan tanaman layu mendadak walau kecukupan air terpenuhi.
Pengendalian hama garut secara efektif memadukan sanitasi kebun harian, pemangkasan daun bergejala, pemanfaatan musuh alami seperti semut rangrang, serta pengolahan tanah yang sempurna saat pembubunan. Langkah preventif ini terbukti mempertahankan produktivitas umbi basah hingga 15-20 ton per hektar sepanjang tahun.