Memasuki musim kemarau, biasanya sekitar bulan Juli hingga Oktober, tanaman garut akan menunjukkan tanda-tanda fisiologis siap panen. Ciri utama yang mudah diamati di lapangan adalah batang dan daun mulai menguning, mengering, lalu rebah ke tanah. Pada fase perubahan fisiologis ini, fotosintesis telah berhenti dan seluruh cadangan makanan telah mentransfer sempurna menjadi pati di dalam umbi. Petani disarankan menunda penyiraman atau membiarkan lahan mengering selama 2 hingga 3 minggu sebelum penggalian untuk memudahkan proses pemanenan.
Proses pembongkaran umbi garut sebaiknya dilakukan secara hati-hati menggunakan cangkul atau garpu tanah dengan jarak minimal 15 hingga 20 sentimeter dari pangkal batang. Hal ini penting dilakukan untuk mencegah mata umbi terpotong atau terluka yang dapat memicu pembusukan cepat oleh mikroba tanah. Setelah terangkat, bersihkan tanah yang menempel secara manual tanpa dicuci air jika umbi hendak disimpan lama, lalu pisahkan umbi utama dari bibit tunas yang akan digunakan untuk pertanaman musim berikutnya.
Dalam satu hektar lahan tanam dengan jarak tanam 30 x 50 sentimeter, potensi hasil panen garut bisa mencapai 12 hingga 25 ton umbi segar. Umbi garut yang baru dipanen harus segera diolah dalam waktu 2 hingga 3 hari menjadi tepung atau pati, karena umbi segar mudah mengalami penyokelatan dan penurunan kualitas. Jika disimpan pada suhu ruang berkisar 25 hingga 28 derajat Celsius dengan sirkulasi udara baik, umbi utuh yang belum dicuci mampu bertahan hingga 1 hingga 2 minggu.