Penyakit utama yang sering menyerang adalah layu fusarium, busuk akar, dan bercak daun. Layu fusarium disebabkan oleh jamur Fusarium oxysporum, ditandai daun menguning dan layu dari bawah ke atas, serta akar membusuk. Busuk akar (Rhizoctonia atau Pythium) menyebabkan tanaman kerdil dan akar berwarna coklat kehitaman. Bercak daun (Alternaria atau Cercospora) muncul sebagai bercak coklat dengan lingkaran konsentris, lalu daun mengering dan gugur.
Pengendalian penyakit dimulai dengan praktik budidaya yang baik. Gunakan benih sehat dan lakukan rotasi tanaman dengan non-solanaceae minimal 2 tahun. Pastikan drainase lahan baik, jangan sampai tergenang. Di musim hujan, kurangi frekuensi penyiraman dan perbaiki sirkulasi udara dengan jarak tanam 20-30 cm. Buang dan musnahkan tanaman terserang untuk mencegah penyebaran.
Jika gejala sudah muncul, semprot dengan fungisida berbahan aktif mankozeb atau tembaga hidroksida sesuai dosis pada label. Untuk pengendalian hayati, gunakan Trichoderma sp. yang diaplikasikan ke tanah sebelum tanam. Konsultasikan dengan penyuluh pertanian setempat untuk rekomendasi spesifik. Penyakit biasanya menurun saat musim kemarau karena kelembaban rendah.