Langkah awal dalam mengatasi serangan penyakit lemon adalah membenahi tata kelola air di sekitar piringan pohon. Buatlah bedengan tanaman setinggi 30 hingga 50 cm serta saluran drainase berkedalaman 40 cm di sekeliling piringan agar air hujan tidak menggenang lebih dari 2 jam setelah hujan deras. Bebaskan pula area piringan pohon dari gulma dalam radius 1 meter agar pangkal batang tetap kering dan mendapat aliran udara yang cukup.
Pemangkasan pemeliharaan harus dijadwalkan secara rutin setiap 1 hingga 2 bulan sekali untuk membuang cabang yang sakit, tunas air, serta cabang yang tumbuh bersilangan. Dengan menipiskan bagian tengah tajuk tanaman, sinar matahari pagi dapat menembus hingga ke dalam rindang daun, sehingga menurunkan kelembapan mikro yang disukai oleh spora jamur pathogen.
Sebagai tindakan pencegahan dan penanganan hayati, aplikasikan agens hayati Trichoderma sp. sebanyak 50 hingga 100 gram per pohon yang dicampurkan pada pupuk kandang matang setiap 3 bulan sekali. Jika tingkat serangan penyakit di lapangan sudah melebihi ambang toleransi, gunakan bahan pengendali kimiawi terdaftar dengan mengacu pada petunjuk pada kemasan produk atau atas rekomendasi petugas penyuluh setempat.