Serangan kutu daun (Aphis spp.) dan kutu kebul kerap memuncak saat peralihan musim dari hujan ke kemarau. Hama ini mengisap cairan sel daun muda hingga mengerut dan mengeluarkan embun jelaga hitam yang menutupi permukaan fotosintesis. Untuk areal kebun 100 meter persegi, pembersihan gulma secara berkala setiap 14 hari sekali dan pemangkasan cabang yang terlalu rimbun efektif mengurangi kelembapan mikro yang disukai hama pengisap ini.
Hama pengorok daun (Phyllocnistis citrella) atau leafminer menjadi ancaman utama saat tanaman mengeluarkan pucuk muda (flushing) sekitar tiga hingga empat kali dalam setahun. Ulat kecil ini membuat alur perak meliuk-liuk di dalam jaringan daun, menyebabkan daun menggulung dan menjadi pintu masuk bakteri penyakit pembuluh kayu jeruk. Pemasangan perangkap kuning berperekat sebanyak 4 hingga 6 titik per hektar dapat membantu memantau populasi ngateng dewasa secara efisien.
Pengendalian terpadu harus mengutamakan sanitasi kebun dan pemanfaatan musuh alami seperti kumbang kubah (Coccinellidae) serta tawon parasitoid. Jika populasi hama melebihi ambang ekonomi, aplikasi agens hayati seperti jamur Beauveria bassiana atau minyak mimba disemprotkan pada sore hari dengan interval 7 hari sekali. Penyemprotan bahan kimia adalah langkah terakhir yang harus disesuaikan dengan rekomendasi penyuluh pertanian setempat.