Penyakit yang paling sering menyerang katuk adalah bercak daun (Cercospora spp.) yang muncul sebagai bercak coklat kehitaman dengan tepi kuning. Penyakit ini menyebar lewat percikan air hujan atau alat panen yang tidak bersih. Jika dibiarkan, daun menguning dan rontok sehingga menurunkan hasil panen secara drastis.
Penyakit kedua adalah karat putih (Puccinia horiana) yang ditandai dengan bercak putih seperti tepung di permukaan bawah daun, lalu daun mengeriting dan mengering. Penyakit ini sangat menular dan sering muncul saat kelembaban tinggi (di atas 85%) dan suhu 17-24°C. Pada kasus parah, tanaman bisa mati dalam 2-3 minggu.
Penyakit ketiga adalah layu bakteri (Ralstonia solanacearum) yang menyebabkan daun layu mendadak meski tanah lembab. Jika batang dipotong, akan keluar lendir bakteri. Penyakit ini menyerang akar dan pembuluh, sering muncul setelah stres air atau luka akar akibat cangkul. Tidak ada obat kimia yang efektif, sehingga pencegahan sangat penting.