Penyakit jamur seperti busuk akar (Rhizoctonia/Pythium) menyebabkan tanaman layu mendadak dan akar menghitam. Embun tepung (Oidium) menimbulkan bercak putih tepung di daun. Bercak daun (Cercospora/Alternaria) berupa bercak coklat kehitaman dengan lingkaran konsentris. Pada musim kemarau, serangan tungau atau thrips bisa disalahartikan sebagai penyakit karena menyebabkan daun menguning dan keriting.
Langkah pertama adalah memangkas bagian yang terinfeksi dan membuangnya jauh dari kebun. Kurangi penyiraman dan perbaiki drainase untuk menekan kelembaban. Buat fungisida alami dari larutan bawang putih (5 siung halus + 1 liter air, diamkan semalam) atau gunakan ekstrak daun pepaya. Semprotkan setiap 3-5 hari saat gejala muncul. Untuk bakteri, hindari percikan air dan gunakan mulsa plastik hitam.
Pencegahan lebih baik: tanam basil di bedengan tinggi, beri jarak tanam 20-30 cm, dan pastikan sinar matahari penuh (minimal 6 jam/hari). Rotasi tanaman dengan kacang-kacangan atau jagung. Pilih varietas tahan seperti 'Sweet Thai' atau 'Genovese'. Jika serangan parah, konsultasikan dengan BPP setempat untuk rekomendasi fungisida yang sesuai.