Busuk akar (Pythium) ditandai akar berwarna coklat kehitaman, lembek, dan berbau busuk. Tanaman layu mendadak meski media tanam basah. Penyebabnya genangan air, suhu larutan >28°C, dan oksigen terlarut rendah. Solusinya: segera buang tanaman sakit, sterilkan sistem dengan H2O2 3% (10 ml/L air) selama 30 menit, lalu bilas. Tingkatkan aerasi dengan pompa udara, jaga suhu larutan 22-26°C, dan ganti larutan setiap 2 minggu.
Bercak daun (Alternaria) muncul sebagai bercak coklat kehitaman dengan lingkaran konsentris, dimulai dari daun tua. Kelembaban >85% dan percikan air memperparah. Solusinya: potong daun sakit, kurangi kelembaban dengan sirkulasi angin (kipas), dan jaga jarak antar tanaman. Untuk pencegahan, gunakan fungisida berbahan aktif mankozeb atau klorotalonil sesuai label, aplikasi setiap 7-10 hari saat gejala awal.
Busuk lunak (Erwinia) menyebabkan daun dan batang menjadi lembek, berair, dan berbau busuk. Biasanya menyerang tanaman yang terluka. Solusinya: buang tanaman sakit segera, hindari luka mekanis saat panen, dan jaga kebersihan sistem hidroponik. Sterilisasi alat dengan klorin 1%. Hindari penggunaan pupuk nitrogen tinggi yang membuat jaringan lunak.