Sanitasi kebun yang disiplin merupakan kunci utama pencegahan. Petani disarankan melakukan pembersihan kebun minimal seminggu sekali dengan memungut seluruh buah busuk yang gugur serta memotong ranting yang terserang penyakit. Buah dan bagian tanaman yang terinfeksi harus dibuang atau dikubur sejauh minimal 10 meter dari area pertanaman agar spora jamur tidak terbang kembali terbawa angin.
Pengaturan nutrisi tanaman juga memegang peranan penting dalam memperkuat benteng pertahanan alami jambu kristal. Pada musim hujan, kurangi porsi pupuk Nitrogen yang berlebihan dan tingkatkan pemberian pupuk Unsur Mikro Kalsium serta Kalium sekitar 200 hingga 300 gram per pohon untuk umur 2-3 tahun. Kalsium berfungsi menebalkan dinding sel buah sehingga jamur patogen sulit menembus kulit luar jambu.
Langkah perlindungan fisik berupa pembungkusan buah (brongsong) terbukti sangat efektif menekan infeksi penyakit busuk buah. Lakukan pembungkusan saat buah jambu kristal masih berukuran sebesar kelereng atau berdiameter sekitar 2 hingga 3 cm. Gunakan kombinasi jaring busa dan plastik bening yang diberi lubang drainase kecil di bagian bawahnya agar air embun tidak mengendap di dalam pembungkus.